Odobel Charlène

Je suis microbiologiste spécialisée en écologie microbienne des milieux aquatiques et marins. Mes recherches visent à comprendre comment les communautés microbiennes répondent aux gradients environnementaux — salinité, oxygénation, disponibilité en substrats carbonés — et comment elles participent au fonctionnement biogéochimique des environnements sédimentaires.

Mon parcours s’est construit à l’interface entre microbiologie marine, océanographie, biogéochimie et sédimentologie. Formée à l’Université Aix-Marseille en biologie et écologie marine, j’ai ensuite réalisé une thèse en microbiologie à l’Université de Bretagne Occidentale — Ifremer, au Laboratoire de Microbiologie des Environnements Extrêmes, sur les communautés Archaea et Bacteria des sédiments marins du canal du Mozambique, au niveau de sorties de fluides riches en méthane. 

J’ai poursuivi mes recherches au Laboratoire d’océanographie microbienne de Banyuls-sur-Mer, où j’ai travaillé sur les résurgences d’eaux souterraines côtières en Méditerranée et sur la colonisation microbienne des plastiques en conditions marines. J’ai ensuite rejoint King Abdullah University of Science and Technology, en Arabie Saoudite, au sein du laboratoire Extreme Systems Microbiology, pour étudier les communautés microbiennes 1- des bassins hypersalés profonds de la mer Rouge et 2- des sédiments carbonatés d’environnements côtiers de la péninsule arabique.

Depuis janvier 2026, je suis postdoctorante de l’Université Bourgogne Europe, au sein du laboratoire Biogéosciences, équipe SEDS. Dans le cadre d’un contrat postdoctoral financé par le dispositif ATRACT, mes travaux portent sur l’identification des communautés microbiennes associées aux sédiments carbonatés de différents milieux aquatiques et sur leur rôle potentiel, en interaction avec les processus abiotiques, dans la formation de microporosité. Ce projet s’inscrit à l’interface entre microbiologie, sédimentologie, géochimie et diagenèse précoce, en complémentarité avec les approches développées au sein des équipes SEDS et SAMBA.

• Expériences professionnelles

-2026 – présent : Post-doctorat, Laboratoire Biogéosciences, UMR6282, Université Bourgogne Europe, «projet MICRITE (MIcrobial CaRbonate Induced Trapping and Export) ». Responsable : Emmanuelle Vennin

-2021 – 2025 : Post-doctorat, Extreme Systems Microbiology lab, BESE/RSRC, King Abdullah University of Science and Technology (Thuwal, Saudi Arabia), « Investigating the microbial communities of the Red Sea brine pools and other extreme ecosystems using Sable Isotope Probing». PI : Daniele Daffonchio

-2019 – 2020 : Post-doctorat, Laboratoire d’océanographie microbienne UMR7621, OOB, (France), «La colonisation et la biodégradation des plastiques dans l’eau de mer».  PI :Jean-François Ghiglione

-2018 : Post-doctorat, Laboratoire d’océanographie microbienne UMR7621, Observatoire
Océanologique de Banyuls sur mer (OOB, France), «Résurgences d’eaux souterraines côtières en mer Méditerranée». PI : Pascal Conan

-2014 – 2017 : Doctorat en microbiologie, Université de Bretagne Occidentale, Laboratoire de microbiologie des environnements extrêmes UMR6197, LM2E, Ifremer (Brest, France), «Dynamique spatiale et temporelle des communautés Archaea et Bacteria dans les sediments marins profonds du canal du Mozambique ». Directeurs : Anne Godfroy et Laurent Toffin

-2014 : Stage de Master 2, Institut Méditerranéen d’Océanographie, UMR7294 MIO (Marseille, France) «Impacts des phénomènes de convection sur la diversité verticale des communautés microbiennes ». Encadrants : Patricia Bonin et Christian Tamburini

-2013 : Stage de Master 1, MIO UMR7294 (Marseille, France) «Quantification par q-PCR des bactéries de sols contaminés par des hydrocarbures et/ou des surfactants». Encadrantes : Valérie Michotey et Patricia Bonin

• Formation universitaire

-2017 : Doctorat en microbiologie, Université de Bretagne Occidentale (Brest, France). Financée par l’Ifremer et Total. Directeurs : Anne Godfroy et Laurent Toffin

-2014 : Master recherche, spécialité biologie et écologie marine, Université Aix Marseille (Marseille, France)

-2012 : Licence sciences de l’environnement et de la mer, Université Aix Marseille (Marseille, France)

Approches méthodologiques

J’utilise des approches de microbiologie moléculaire, d’écologie microbienne et de bioinformatique, notamment :

• • -extraction, quantification et amplification d’ADN/ARN ;
  • -qPCR, séquençage 16S et préparation de librairies Illumina ;
  • -Stable Isotope Probing ADN/ARN ;
  • -cultures microbiennes en conditions aérobies et anaérobies ;
  • -Incubations en mésocosmes ;
  • -Fluorescent in situ hybridization (FISH, CARD-FISH), microscopies électronique et optique ;
  • -analyses statistiques, multivariées, réseaux de co-occurrence
  • -traitement bioinformatique des données de séquençage haut débit

Campagnes océanographiques et terrains

Mon parcours s’appuie sur une forte expérience de terrain et de campagnes océanographiques, depuis les environnements profonds jusqu’aux systèmes lagunaires et côtiers. J’ai participé à des campagnes et échantillonnages dans plusieurs contextes marins contrastés :

• • -Canal du Mozambique — sédiments marins profonds, projet PAssive Margins Exploration LAboratories (PAMELA), R/V Pourquoi pas ?;
  • -Mer Méditerranée — résurgences côtières, projets Pelagic Ecosystem Response in the Levant Experiment (PERLE), R/V Pourquoi pas ? et Atalante, Méditerranean Submarine Groundwater Discharge (MedSGD) et Tara Microplastics, Tara Ocean;
  • -Mer Rouge — bassins hypersalés profonds, Afifi Deep, Red Sea Decade Expedition 2022, R/V OceanXplorer et Thuwal;
  • -Arabie Saoudite — lagune de Rabigh, mangroves de KAUST, environnements carbonatés peu profonds ;
  • -Oman — lagunes de Barr Al Hikman, Mer d’Arabie ;
  • -Émirats Arabes Unis — lagune d’Abu Dhabi, Golfe arabique.

Ces expériences m’ont permis de développer une expertise complète, depuis la définition des stratégies d’échantillonnage jusqu’à la mise en œuvre de protocoles moléculaires, microbiologiques et bioinformatiques en laboratoire.

Liens

Google Scholar
http://scholar.google.com/citations?user=52CGEuMAAAAJ&hl=en

ResearchGate
https://www.researchgate.net/profile/Charlene-Odobel-3

ORCID
https://orcid.org/0009-0001-4456-9528

Publications

1. Odobel, C., Garuglieri, E., Teillet, T., Marasco, R., Hachmann, K., Chandra, V., C., Vahrenkamp, V., Sánchez-Román, M., Daffonchio, D. (2026) A seasonal record of bacterial communities in micritized carbonate sediments of the Eastern Red Sea. Environmental Microbiology. DOI: 10.1111/1462-2920.70313
2. Odobel, C., Jacquin, J., Saint Picq, C., Hingant, M., Lemechko, P., Thomas, T., Eyheraguibel, B., Cébron, A., ter Halle, A., Barbe, V., Bruzaud, S. Ghiglione, JF. (2025) Unveiling marine plastic degraders through DNA-stable isotope probing. Journal of hazardous materials 490. https://doi.org/10.1016/j.jhazmat.2025.137729
3. Teillet. T., Odobel. C., Harkat. M., Hachmann. K., Garuglieri. E., Chandra. V., Daffonchio D., Sánchez-Román. M., Vahrenkamp. V., (2025). Exploration of Shallow-Marine Carbonate Micritization Styles: Arabian Plate Coast (Red Sea, Arabian Sea, and Arabian Gulf)’’. Journal of Sedimentary Research. https://doi.org/10.2110/jsr.2024.076
4. Rayyan Alamoudi, R., Barozzi, A., Michoud, G., W. Van Goethem, M., Odobel, C., Chen, Y., Marasco, R., Daffonchio, D., (2025).Metabolic redundancy and specialisation of novel sulfide-oxidizing Sulfurimonas and Sulfurovum along the brine-seawater interface of the Kebrit Deep. Environmental Microbiome 20, 19. https://doi.org/10.1186/s40793-025-00669-7
5. Garuglieri, E., Marasco, R., Odobel, C., Chandra, V., Teillet, T., Areis de Oliveira, C., Sánchez-Román, M., Vahrenkamp, V., Daffonchio, D. (2024) Searching for microbial contribution to micritization of shallow marine sediments. Environmental Microbiology, 26(2), e16573. https://doi.org/10.1111/1462-2920.16573.
6. Ghiglione, J-F., Barbe, V., Bruzaud, S., Burgaud, G., Cachot, J., Eyheraguibel, B., Lartaud, F., Ludwig, W., Meistertzheim, A-L., Paul-Pont, I., Pesant, S., Ter Halle, A., Thiebeauld, O., The Mission Tara Microplastics consortium. (2023) Mission Tara Microplastics: a holistic set of protocols and data resources for the field investigation of plastic pollution along the land-sea continuum in Europe. Environmental Science and Pollution Research International, May 4. https://doi.org/10.1007/s11356-023-26883-9.
7. Conan, P., Philip, L., Ortega-Retuerta, E., Odobel, C., Duran, C., Pandin, C., Giraud, C., Meistertzheim, A.-L., Barbe, V., Ter Hall, A., Pujo-Pay, M., Ghiglione, J.-F. (2022). Evidence of coupled autotrophy and heterotrophy on plastic biofilms and its influence on surrounding seawater. Environmental Pollution, 315, 120463. https://doi.org/10.1016/j.envpol.2022.120463.
8. Odobel, C., Dussud, C., Meistertzheim, A.-L., Cheng, J., Jacquin, J., Pandin, C., Pujo-Pay, M., Conan, P., George, M., Fabre, P., Higgs, P., Bruzaud, S., Pusos-Barbe V., and Ghiglione, J.-F. (2021). Bacterial Abundance, Diversity and Activity During Long-Term Colonization of Non-biodegradable and Biodegradable Plastics in Seawater. Frontiers in Microbiology 12. https://doi.org/10.3389/fmicb.2021.734782.
9. Tamborski, J., van Beek, P., Conan, P., Pujo-Pay, M., Odobel, C., Ghiglione, J.-F., Seidel, J.-L., Arfib, B., Diego-Feliu, M., Garcia-Orellana, J., Szafran, A. and Souhaut, M. (2020). Submarine karstic springs as a source of nutrients and bioactive trace metals for the oligotrophic Northwest Mediterranean Sea. Science of The Total Environment 732, 139106. https://doi.org/10.1016/j.scitotenv.2020.139106
10. Jacquin, J., Cheng, J., Odobel, C., Pandin, C., Conan, P., Pujo-Pay, M., Barbe, V., Meistertzheim, A.-L., and Ghiglione, J.-F. (2019). Microbial Ecotoxicology of Marine Plastic Debris: A Review on Colonization and Biodegradation by the “Plastisphere.” Frontiers in Microbiology 10, 865. https://doi.org/10.3389/fmicb.2019.00865
11. Dussud, C., Hudec, C., George, M., Fabre, P., Higgs, P., Bruzaud, S., Delort, A.-M., Eyheraguibel, B., Meistertzheim, A.- L., Jacquin, J., Cheng, J., Callac, N., Odobel, C., Rabouille, S. and Ghiglione, J.-F. (2018). Colonization of Nonbiodegradable and Biodegradable Plastics by Marine Microorganisms. Frontiers in Microbiology 9. https://doi.org/10.3389/fmicb.2018.01571
12. Odobel, C. (2017). Dynamique spatiale et temporelle des communautés Archaea et Bacteria dans les sédiments marins profonds du canal du Mozambique. PhD Thesis, Université de Bretagne Occidentale.