Odobel Charlène

Je suis microbiologiste spécialisée en écologie microbienne des milieux aquatiques et marins. Mes recherches visent à comprendre comment les communautés microbiennes répondent aux gradients environnementaux — salinité, oxygénation, disponibilité en substrats carbonés — et comment elles participent au fonctionnement biogéochimique des environnements sédimentaires.

Mon parcours s’est construit à l’interface entre microbiologie marine, océanographie, biogéochimie et sédimentologie. Formée à l’Université Aix-Marseille en biologie et écologie marine, j’ai ensuite réalisé une thèse en microbiologie à l’Université de Bretagne Occidentale — Ifremer, au Laboratoire de Microbiologie des Environnements Extrêmes, sur les communautés Archaea et Bacteria des sédiments marins du canal du Mozambique, au niveau de sorties de fluides riches en méthane.

J’ai poursuivi mes recherches au Laboratoire d’océanographie microbienne de Banyuls-sur-Mer, où j’ai travaillé sur les résurgences d’eaux souterraines côtières en Méditerranée et sur la colonisation microbienne des plastiques en conditions marines. J’ai ensuite rejoint King Abdullah University of Science and Technology, en Arabie Saoudite, au sein du laboratoire Extreme Systems Microbiology, pour étudier les communautés microbiennes 1- des bassins hypersalés profonds de la mer Rouge et 2- des sédiments carbonatés d’environnements côtiers de la péninsule arabique.

Depuis janvier 2026, je suis postdoctorante de l’Université Bourgogne Europe, au sein du laboratoire Biogéosciences, équipe SEDS. Dans le cadre d’un contrat postdoctoral financé par le dispositif ATRACT, mes travaux portent sur l’identification des communautés microbiennes associées aux sédiments carbonatés de différents milieux aquatiques et sur leur rôle potentiel, en interaction avec les processus abiotiques, dans la formation de microporosité. Ce projet s’inscrit à l’interface entre microbiologie, sédimentologie, géochimie et diagenèse précoce, en complémentarité avec les approches développées au sein des équipes SEDS et SAMBA.

Expériences professionnelles

2026 – présent : Post-doctorat, Laboratoire
Biogéosciences, UMR6282, Université Bourgogne Europe, «projet MICRITE
(MIcrobial CaRbonate Induced Trapping and Export) ». Responsable :
Emmanuelle Vennin

2021 – 2025 : Post-doctorat, Extreme Systems Microbiology lab,
BESE/RSRC, King Abdullah University of Science and Technology (Thuwal,
Saudi Arabia), « Investigating the microbial communities of the Red Sea
brine pools and other extreme ecosystems using Sable Isotope Probing».
PI : Daniele Daffonchio

2019 – 2020 : Post-doctorat, Laboratoire
d’océanographie microbienne UMR7621, OOB, (France), «La
colonisationetlabiodégradationdesplastiquesdansl’eaudemer». PI :
Jean-François Ghiglione

2018 : Post-doctorat,
Laboratoire d’océanographie microbienne UMR7621, Observatoire
Océanologique de Banyuls sur mer (OOB, France), «Résurgences d’eaux
souterraines côtières en mer Méditerranée». PI : Pascal Conan

2014 – 2017 : Doctorat en microbiologie,
Université de Bretagne Occidentale, Laboratoire de microbiologie des
environnements extrêmes UMR6197, LM2E, Ifremer (Brest, France),
«Dynamique spatiale et temporelle des communautés Archaea et Bacteria
dans les sediments marins profonds du canal du Mozambique ». Directeurs :
Anne Godfroy et Laurent Toffin

2014 : Stage de Master 2, Institut
Méditerranéen d’Océanographie, UMR7294 MIO (Marseille, France) «Impacts
des phénomènes de convection sur la diversité verticale des communautés
microbiennes ». Encadrants : Patricia Bonin et Christian Tamburini

2013 : Stage de Master 1,
MIO UMR7294 (Marseille, France) «Quantification par q-PCR des bactéries
de sols contaminés par des hydrocarbures et/ou des surfactants».
Encadrantes : Valérie Michotey et Patricia Bonin

Formation universitaire

2017 : Doctorat en microbiologie, Université
de Bretagne Occidentale (Brest, France). Financée par l’Ifremer et
Total. Directeurs : Anne Godfroy et Laurent Toffin

2014 : Master recherche, spécialité biologie et écologie marine, Université Aix Marseille (Marseille, France)

2012 : Licence sciences de l’environnement et de la mer, Université Aix Marseille (Marseille, France)

Approches méthodologiques

J’utilise des approches de microbiologie moléculaire, d’écologie microbienne et de bioinformatique, notamment :

extraction, quantification et amplification d’ADN/ARN ;
qPCR, séquençage 16S et préparation de librairies Illumina ;
Stable Isotope Probing ADN/ARN ;
cultures microbiennes en conditions aérobies et anaérobies ;
Incubations en mésocosmes ;
FISH, CARD-FISH, microscopies électronique et optique ;
analyses statistiques, multivariées, réseaux de co-occurrence
traitement bioinformatique des données de séquençage haut débit

Campagnes océanographiques et terrains

Mon parcours s’appuie sur une forte expérience de terrain et de
campagnes océanographiques, depuis les environnements profonds jusqu’aux
systèmes lagunaires et côtiers. J’ai participé à des campagnes et
échantillonnages dans plusieurs contextes marins contrastés :

Canal du Mozambique — sédiments marins profonds, projet PAMELA, R/V Pourquoi pas ? ;
Mer Méditerranée — résurgences côtières, projets PERLE, MedSGD et Tara Microplastics ;
Mer Rouge — bassins hypersalés profonds, Afifi Deep, Red Sea Decade Expedition, R/V OceanXplorer ;
Arabie Saoudite — lagune de Rabigh, mangroves de KAUST, environnements carbonatés peu profonds ;
Oman — lagunes de Barr Al Hikman, Mer d’Arabie ;
Émirats Arabes Unis — lagune d’Abu Dhabi, Golfe arabique.

Ces expériences m’ont permis de développer une expertise complète,
depuis la définition des stratégies d’échantillonnage jusqu’à la mise en
œuvre de protocoles moléculaires, microbiologiques et bioinformatiques
en laboratoire.

Links

Google Scholar
http://scholar.google.com/citations?user=52CGEuMAAAAJ&hl=en

ResearchGate
https://www.researchgate.net/profile/Charlene-Odobel-3

ORCID
0009-0001-4456-9528

Publications

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Odobel, C., Jacquin, J., Saint Picq, C., Hingant, M., Lemechko, P., Thomas, T., Eyheraguibel, B., Cébron, A., ter Halle, A., Barbe, V., Bruzaud, S. Ghiglione, JF. (2025) Unveiling marine plastic degraders through DNA-stable isotope probing. Journal of hazardous materials 490. https://doi.org/10.1016/j.jhazmat.2025.137729
Teillet. T., Odobel. C., Harkat. M., Hachmann. K., Garuglieri. E., Chandra. V., Daffonchio D., Sánchez-Román. M., Vahrenkamp. V., (2025). Exploration of Shallow-Marine Carbonate Micritization Styles: Arabian Plate Coast (Red Sea, Arabian Sea, and Arabian Gulf)’’. Journal of Sedimentary Research. https://doi.org/10.2110/jsr.2024.076
Rayyan Alamoudi, R., Barozzi, A., Michoud, G., W. Van Goethem, M., Odobel, C., Chen, Y., Marasco, R., Daffonchio, D., (2025). Metabolic redundancy and specialisation of novel sulfide-oxidizing Sulfurimonas and Sulfurovum along the brine-seawater interface of the Kebrit Deep. Environmental Microbiome 20, 19. https://doi.org/10.1186/s40793-025-00669-7
Garuglieri, E., Marasco, R., Odobel, C., Chandra, V., Teillet, T., Areis de Oliveira, C., Sánchez-Román, M., Vahrenkamp, V., Daffonchio, D. (2024) Searching for microbial contribution to micritization of shallow marine sediments. Environmental Microbiology, 26(2), e16573. https://doi.org/10.1111/1462-2920.16573.
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Odobel, C., Dussud, C., Meistertzheim, A.-L., Cheng, J., Jacquin, J., Pandin, C., Pujo-Pay, M., Conan, P., George, M., Fabre, P., Higgs, P., Bruzaud, S., Pusos-Barbe V., and Ghiglione, J.-F. (2021). Bacterial Abundance, Diversity and Activity During Long-Term Colonization of Non-biodegradable and Biodegradable Plastics in Seawater. Frontiers in Microbiology 12. https://doi.org/10.3389/fmicb.2021.734782.
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Dussud, C., Hudec, C., George, M., Fabre, P., Higgs, P., Bruzaud, S., Delort, A.-M., Eyheraguibel, B., Meistertzheim, A.- L., Jacquin, J., Cheng, J., Callac, N., Odobel, C., Rabouille, S. and Ghiglione, J.-F. (2018). Colonization of Nonbiodegradable and Biodegradable Plastics by Marine Microorganisms. Frontiers in Microbiology 9. https://doi.org/10.3389/fmicb.2018.01571
Odobel, C. (2017). Dynamique spatiale et temporelle des communautés Archaea et Bacteria dans les sédiments marins profonds du canal du Mozambique. PhD Thesis, Université de Bretagne Occidentale.