Génomique de la spéciation pour l’étude des radiations non-adaptatives : le cas de la divergence de lignées cryptiques chez les campagnols ouest-européens

Financement : bourse ministérielle

Encadrantes : Sophie Montuire et Aurélie Khimoun

Débutée en octobre 2025

Résumé

Le changement climatique global représente une menace majeure pour la biodiversité actuelle, et l’étude des réponses des espèces aux changements climatiques passés peut permettre de prédire leur réponse aux changements actuels. Les oscillations climatiques du Quaternaire ont eu un impact considérable sur la diversification des espèces. Certaines espèces, notamment chez les petits mammifères, ont connu des diversifications rapides et souvent cryptiques (i.e., sans modifications phénotypiques évidentes). Ces diversifications, appelées radiations non-adaptatives, n’ont pas conduit à une adaptation à des niches spécifiques mais ont abouti à des espèces généralement allopatriques occupant des niches similaires. Le genre Microtus, un rongeur largement distribué en Eurasie, constitue un bon modèle pour étudier l’impact des changements climatiques sur la divergence des populations et la spéciation. Ce genre, qui présente plus de 65 complexes d’espèces, montre une grande richesse spécifique héritée des cycles glaciaires. Parmi les espèces étudiées, Microtus agrestis, M. lavernedii et M. rozianus définies comme des espèces sœurs présentent des zones de contact secondaire, offrant ainsi l’opportunité d’étudier les mécanismes de la divergence. Le projet de thèse vise trois objectifs principaux. Le premier consiste à délimiter les frontières géographiques des espèces et leurs zones de contact à partir de données de séquences d’ADNmt. Le second objectif est d’explorer les histoires démographiques des populations, en utilisant des génomes complets pour comprendre les dynamiques de colonisation et les effets des cycles glaciaires. Enfin, le troisième objectif se concentre sur les contacts secondaires entre M. agrestis et M. lavernedii, en étudiant les conséquences génomiques de l’hybridation, notamment en ce qui concerne l’introgression et l’émergence de lignées cryptiques. Ces recherches devraient apporter des éclairages le rôle des flux de gènes dans l’émergence et le maintien de lignées cryptiques ainsi que sur l’architecture génomique de la spéciation.

Mots clés

spéciation ; hybridation ; génomique ; campagnol

extrait:

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titre:

Génomique de la spéciation pour l’étude des radiations non-adaptatives : le cas de la divergence de lignées cryptiques chez les campagnols ouest-européens

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octobre 2025

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Camizuli

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20251001

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Génomique de la spéciation pour l’étude des radiations non-adaptatives : le cas de la divergence de lignées cryptiques chez les campagnols ouest-européens

Financement : bourse ministérielle

Encadrantes : Sophie Montuire et Aurélie Khimoun

Débutée en octobre 2025

 

Résumé

Le changement climatique global représente une menace majeure pour la biodiversité actuelle, et l’étude des réponses des espèces aux changements climatiques passés peut permettre de prédire leur réponse aux changements actuels. Les oscillations climatiques du Quaternaire ont eu un impact considérable sur la diversification des espèces. Certaines espèces, notamment chez les petits mammifères, ont connu des diversifications rapides et souvent cryptiques (i.e., sans modifications phénotypiques évidentes). Ces diversifications, appelées radiations non-adaptatives, n’ont pas conduit à une adaptation à des niches spécifiques mais ont abouti à des espèces généralement allopatriques occupant des niches similaires. Le genre Microtus, un rongeur largement distribué en Eurasie, constitue un bon modèle pour étudier l’impact des changements climatiques sur la divergence des populations et la spéciation. Ce genre, qui présente plus de 65 complexes d’espèces, montre une grande richesse spécifique héritée des cycles glaciaires. Parmi les espèces étudiées, Microtus agrestis, M. lavernedii et M. rozianus définies comme des espèces sœurs présentent des zones de contact secondaire, offrant ainsi l’opportunité d’étudier les mécanismes de la divergence. Le projet de thèse vise trois objectifs principaux. Le premier consiste à délimiter les frontières géographiques des espèces et leurs zones de contact à partir de données de séquences d’ADNmt. Le second objectif est d'explorer les histoires démographiques des populations, en utilisant des génomes complets pour comprendre les dynamiques de colonisation et les effets des cycles glaciaires. Enfin, le troisième objectif se concentre sur les contacts secondaires entre M. agrestis et M. lavernedii, en étudiant les conséquences génomiques de l’hybridation, notamment en ce qui concerne l’introgression et l’émergence de lignées cryptiques. Ces recherches devraient apporter des éclairages le rôle des flux de gènes dans l’émergence et le maintien de lignées cryptiques ainsi que sur l’architecture génomique de la spéciation.

Mots clés

spéciation ; hybridation ; génomique ; campagnol